A partir de 1601, avec le rattachement du Bugey à la France, Saint-Alban est une communauté relevant de l’élection de Belley, de la subdélégation de Nantua et du mandement de Poncin, qui plaidait à Poncin et à Saint-Rambert. Une partie de la paroisse dépend du marquisat de Rougemont, créé en 1696, lequel ressortit du baillage de Belley.

Au milieu du XVIIème siècle, les bandes francomtoises font des incursions contre « les Gris » du Bugey, provoquant destructions et exactions, obligeant à des reconstructions. La présence d’une situation naturellement défendable concentre la population sur le site de Saint-Alban.

Avec l’éloignement des frontières désormais repoussées au Rhône et la paix revenue au Nord, la population choisit un site naturellement mieux placé par rapport aux terres cultivables, celui de Chamagnat, plus propice. Date de cette époque, dans la plus ancienne maison du chef-lieu, une poutre marquée 1643. Dans sa Déclaration des biens des communautés, (1655-1670), l’Intendant de Bourgogne Bouchu parle de Bôches, du Mortarey et de Chamagnat, mais ne cite plus de village sur le site de Saint Alban. A la recherche de nouvelles terres, les habitants ont loué (abergé) les lieux-dits La Malamilière et Vers le Mont, couverts de broussailles, les ont partagés, pour les défricher et y semer du blé.

En 1694, citant son confrère M .Desroches, curé de Saint Alban, qui a vendu un louis d’or le baril de vin, le curé de Cerdon évoque la misère vécue par les habitants suite aux guerres que mène Louis XIV.

Au milieu du XVIIIème siècle, la construction de la voie royale par Cerdon, en éloignant le passage, isole la population et la rend plus sensible aux aléas naturels et économiques qui vont se succéder.
Le 29 juin 1783, la terre tremble.
Le 21 juillet 1783, le vignoble du Mortarey est détruit par un orage de grêle.
En 1784, la vigne ne pousse qu’à la fin mai.
En 1785, les chutes de neige sont tellement abondantes qu’elle subsiste jusqu’au milieu d’avril. La vigne a commencé à pousser le 1er mars.